Mitokondri çift katlı zarla çevrilmiştir.İki katlı zar mitokondriyi matrix adı verilen bir iç bölüme ve zarlar arası bölge (intermembranöz aralık) denilen ikinci bir bölüm olmak üzere ikiye ayırır.Bu zarlardan herbiri lipid çift tabakasından oluşur.Dış zar organelin korunmasıyla ilgilidir.İç zar ise kıvrımlar (krista),borular(tübüli) ve kesecikler (sakkuli) şeklinde çıkıntılar oluşturarak yüzeyini genişletir.İç zarda solunum enzimleri yer alır.Örneğin bunlardan "ATP sentetaz" matrix’e bakan yüzeyde bulunmaktadır.
Mitokondrinin iç kısmında çeşitli maddeleri yıkan enzimler yerleşmiştir.Sitrix asit döngüsü enzimleri be B-oksidasyon gibi yağ asiti katabolizmasını sağlayan enzimler burada bulunur.Mitokondrinin bir diğer görevi kalsiyum iyonlarını depolamaktır.Kalsiyum mitokondrilerin içinde kalsiyum fosfat olarak tutulur. Mitokondilerde bulunmasının nedeni, sitoplazma içinde kalsiyumun bulunması karmaşıklığa yol açmasıdır
Mitokondri zarları endomembranöz sistemin dinamiğine katılmaz.Mitokondriler otonomdur,diğer bir deyişle kendi başlarına çalışırlar.Bunların kendilerine özel DNA ları vardır.Memelilerde hücre DNA sının yaklaşık %1’i mitokondrilerde bulunur.Mitokondrial DNA,dairesel halde iç zara bağlıdır.Mitokondriye ait özel ribozomlar,transfer ribonükleik asit(tRNA) ve enzimler mitokondrial DNA da kodlanmış proteinlerin ifade edilmesinde yardımcı olurlar.Mitokondrial enzimlerin büyük bir kısmı nukleus tarafından kodlanır,sitozolün ribozomlarında sentezlenir ve sonra mitokondri içine taşınırlar.Proteinlerin ve nükleik asitlerin mitokondriden sitozole taşınması söz konusu değildir. Mitokondrilerin çoğalması daima ,var olan organellerin büyümesi ve bölünmesi şeklinde olur.Bu çoğalma hücrenin interfaz evresi boyunca sürebilir.Buna bağlı olarak organel DNA sentezide otonomdur. Hücre siklusunun S-fazı ile bağlantılı değildir.Mitokondriler hücre bölünmesi esnasında sitoplazmayla birlikte yavru hücrelere gelişigüzel dağılırlar.Bu nedenle mitokondrial genlerin kalıtımları Mendel yasalarına uymaz.Burada sitoplazmik kalıtım söz konusudur.