Canlıların herhangi bir grubunun evrimsel öyküsüne ‘Filogeni’ denir. Biyolojinin birçok alt biliminden kanıtlar elde etmek suretiyle, herhangi bir canlı grubunun, hangi gruplarla, ne zaman, ortak ataya sahip olduğu saptanabilir. Yakın grupların, yakın bir zamanda, uzak grupların ise oldukça eski ortak bir ataya sahip olduğu görülür. Gruplar arasındaki akrabalık derecesini bulabilmek için, her türün ya da grubun mümkün olan tüm yapısal benzerliklerini ve ayrılıklarını ortaya koymak gerekir. Bunun için, karşılaştırmalı morfolojiden (kemik, kas, sinir, sindirim organları, vs. ‘den) geniş ölçüde yararlanılır. Elde edilen sonucun geçerliliğini kontrol edebilmek için, ayrıca, sitolojik, biyokimyasal, fizyolojik ve immunolojik testler yapılır. Örneğin, çok yakın bir zamanda birbirinden ayrılmış iki tur arasında, yapılacak biyokimyasal analizlerle, protein tiplerinin şaşılacak derecede birbirine benzediği görülebilir. Protein benzerlikleri ile akrabalık dereceleri arasında çok yakın bir ilişkinin olduğu, çeşitli gözlemlerle saptanmıştır.
Daha önceki paleontologlar ve evrim konusunda çalışanlar, evrimleşmenin düz bir hat üzerinde ilerlediğini ve dallanmadığını varsaydılar. Ama daha sonra toplanan birçok fosil,gerçekte, birçok yan dallanmanın olduğunu kanıtlamıştır. Yan dallar ortadan kalktığı için, evrimleşme, sanki bir doğrultuda yürüyormuş gibi gözükür. Yan dallar ya doğal seçilimle tamamen ortadan kaldırılmıştır ya da evrimleşmesine devam ederek çok daha farklı bir yapı kazanmıştır. Bu sonuncu durumda, aynı kökten gelen birçok dalın arasındaki bağlantılar, yani ara formlar, ortadan kalktığı için akrabalık ilişkilerini açıklamada zorluk çekilir. Fakat bu bağlantı eksiklikleri, sistematik olarak (filogenetik olarak değil), grupların birbirinden kolayca ayrılmasını sağlar.
belgesi-371